Základný kameň kostola sv. Ondreja na Podhradovej posvätil v Košiciach roku 1995 pri svojej druhej návšteve Slovenska Pápež Ján Pavol II.
V nedeľu popoludní 26.11.1995 bola na pozemku vedľa budovy potravín na Ceste pod Hradovou slávnosť. Za účasti asi 150-tich veriacich otec arcibiskup Alojz Tkáč posvätil miesto, na ktorom sa začala výstavba nového rímskokatolíckeho kostola zasväteného sv. Ondrejovi, apoštolovi, patrónovi košickej arcidiecézy.
Nový kostol bol postavený podľa návrhu a projektu Ing. arch. Michala Baníka. Kostol je riešený na princípe ondrejovského kríža.
Boží chrám bol dokončený v roku 1997. Jeho kapacita je pri optimálnom obsadení 300 osôb, z toho 180 na sedenie a 120 na státie. Na chóre je cca 80 miest.
Kostol z väčšej časti stavala a na posviacku pripravila firma Sakrastav s vedúcim staviteľom Milanom Poklenbom.
Konsekrácia chrámu sa uskutočnila dňa 12.7.1997 otcom arcibiskupom Alojzom Tkáčom. Kostol sa stal filiálkou Dómu sv. Alžbety v Košiciach.
V rokoch 1999-2000 akademický sochár, profesor Juraj Bartusz vyhotovil sochu Nanebovstúpenia Pána Ježiša Krista a sochu sv. Ondreja.
V roku 2001 bol zakúpený organ. V tom istom roku pán Lenárt vyhotovil Krížovú cestu, ktorú posvätil dp.Daniel Boleš.
Od roku 2004 spravoval kostol Mons. František Šándor. Vďaka jeho aktívnej snahe a na základe túžby veriacich sa započala iniciatíva na vybudovanie farského centra pri kostole.
Na tento úmysel začal v r. 2010 proces odkúpenia pozemku od mesta Košice. Popri modlitebnej podpore tohto zámeru sa od r. 2011 koná aj pravidelná mesačná finančná zbierka.
Prípravou návrhu projektovej štúdie farského centra bol poverený Ing. arch. Jozef Skokan.
Pri kostole bola zriadená ekonomická rada v zložení: Adam Buranovský, Ján Paralič, Margita Rendošová, Pavol Železník a Renáta Židová, ktorá sa po zriadení novej farnosti stala farskou ekonomickou radou.
Nová farská ekonomická rada bola zvolená v októbri 2016 a to v zložení: Zuzana Baníková, Martin Hančikovký, Ing. Pavol Berta sen., Renáta Židová. V auguste 2017 boli menovaní dvaja noví členovia a síce RNDr. Monika Murínová za filiálku Horný Bankov a Pavol Berta jun. za Podhradovú.
Košický arcibiskup-metropolita Mons. Bernard Bober dekrétom s platnosťou od 1. júla 2013 zriadil farnosť sv. Ondreja, apoštola.
Kostol zasvätený sv. Ondrejovi, apoštolovi, sa od tohto dátumu stal farským kostolom.
Za prvého farára do farnosti sv. Ondreja v Košiciach bol od 1.7. 2013 menovaný ThLic. Martin Harčár. Vo farnosti pôsobil do 30 júna 2017.
Aktuálnym administrátorom farnosti je od 1. júla 2017 R.D. JCDr. Marek Ondrej – prokurátor a advokát Apoštolského Tribunálu Rímskej Roty. Za výpomocného duchovného je pre farnosť ustanovený R.D. ThDr. Radoslav Lojan, PhD.
Dňa 27.11. Mons. Bernard Bober, arcibiskup – metropolita menoval do úradu farára farnosti sv. Ondreja, apoštola v Košiciach na Podhradovej dp. Marek Ondreja, doterajšieho farského administrátora (správcu farnosti).